卵巢巧克力囊腫是由女性月經期脫落的子宮內膜碎片， 卵巢巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種， 每次月經來潮時， 病變部位會出現局部出血， 導致卵巢體積增大， 形成內含陳舊性積血的囊腫。
CA125值測定：CA125是一種存在於胚胎體腔上皮副中腎導管衍生物及其贅生物組織中的一種高分子糖蛋白， 能與單克隆抗體OC-125發生特異性結合， 卵巢巧克力囊腫患者CA125值可升高， 且隨巧克力囊腫期別的增加， 陽性率也上升， 其敏感性和特異性都很高。
卵巢巧克力囊腫的診斷主要依靠臨床醫生對這類新型急腹症的認識。
B型超聲檢查：見附件區與子宮密切相連處有輪廓不規則囊腔， 液性暗區中充滿彌漫性雜亂細回聲， 或不均勻的片狀回聲， 或直腸子宮陷凹有液性暗區。
腹腔鏡檢查：目前是檢查卵巢巧克力囊腫的金標準。 為診斷子宮內膜異位症的佳方法， 是借助腹腔鏡直接窺視盆腔， 見到異位病灶或對可見之病灶進行活檢確定診斷， 並可根據鏡檢的情況決定卵巢巧克力囊腫的臨床分期及確定治療方案。
