一般情況下， 陰囊受到過冷的刺激， 會出現收縮現象， 這是正常的， 不屬睾丸萎縮症。 醫學上的睾丸萎縮， 是指睾丸原先是正常的， 後出於某種原因， 才逐步萎縮變小。 其原因大致有以下幾種：
病毒感染病毒感染是誘發兒童與青少年睾丸萎縮最為常見的病因， 尤其是流行性腮腺炎病毒， 俗稱“痄腮”病。 當睾丸受此病毒侵襲後， 睾丸內的生精組織會受到破壞， 睾丸體積縮小， 質地變軟。
損傷陰囊或睾丸部位發生過撞擊性損傷， 造成陰囊血腫或睾丸裂傷等， 即使創傷癒合， 睾丸也會長期處於供血不充裕狀態，
炎症重度睾丸炎， 發病時睾丸腫脹、疼痛， 可以持續多日。 由於細菌侵犯而造成睾丸組織破壞， 導致睾丸組織發生萎縮。
放射性物質影響凡是較長時間接觸放射性物質者， 例如長期從事X線、同位素等職業人員， 如未作很好保護， 會引起睾丸萎縮症。
內分泌疾病睾丸是一種內分泌器官， 主要產生雄激素， 而身體上許多指揮內分泌的器官， 如腦垂體、腎上腺、丘腦下部等出現疾病， 都會干擾睾丸的功能， 引起睾丸萎縮。
藥物影響長期服用某些有毒性藥物， 例如砷劑， 或者反復使用對抗雄激素的雌激素類藥物， 例如乙芪酚等， 都會引起睾丸萎縮。
