由於慢性腎盂腎炎反復發作， 致腎臟中炎症和修復過程交替進行， 結締組織增生和瘢痕形成， 使得局部血運差， 抗生素不易進入病灶；局部引流不暢， 致病菌難以清除， 因此炎症難控制， 受損的腎組織不易修復。 而受損腎組織在恢復之前， 亦是引起反復感染的一個重要因素。 因而慢性腎盂腎炎治療的重點為儘快消滅致病菌， 促使受損腎組織儘早恢復。 同時積極尋找易感因素， 並卻除之， 是抗菌治療有效的前提。 如手術治療肥大的前列腺， 使尿路梗阻得以解除， 就可以較有效的治療腎盂腎炎。 某腎病醫院的抗菌治療原則為：
（1）抗生素的選擇 定期作尿細菌培養和菌落計數， 並參考藥物敏感試驗的結果來選用最敏感的抗生素。 由於致病菌較為頑固， 以2—3種抗生素聯合應用為佳。
（2）療程 療程是慢性腎盂腎炎治療成敗的關鍵， 不能足療程用藥， 即使原治療有效， 往往不能徹底清除細菌， 同時培養了耐藥菌， 使致病菌得到喘息， 一旦條件適宜， 即可復發， 病情遷延。 因此， 慢性腎盂腎炎急發時， 按急性腎盂腎炎的治療原則用藥， 總療程不少於4周。 當臨床症狀被控制後， 可停藥觀察， 一般每月複查尿常規和尿細菌培養一次， 共半年。 若尿中仍有菌， 可採用長程低劑量抑菌治療， 具體方法為：每晚睡前排尿後口服單一劑量抗生素，
