由於初期症狀的不明顯， 卵巢囊腫的治療往往都是發展到惡性後才開始的。 由於癌細胞已經發展到一定程度， 普通的治療方法已經效果不佳， 對這種卵巢囊腫的治療就要注意以下這些方面。
多數患者就診時多已達晚期， 因此要盡一切可能切除原發囊腫及所能見到的盆、腹腔轉移灶。 由於卵巢惡性囊腫常與子宮， 附件粘連或浸潤， 渾然一體， 且緊貼盆腹膜， 故現多採取卷地毯式或包餃子式將子宮與腫瘤連同盆腹膜整塊切除， 又如大網膜切除， 部分腸切除， 部分膀胱， 輸尿管切除。 對於合併腹水的惡性卵巢囊腫的治療，
對於不能切除的卵巢囊腫的治療方法：①每次排盡腹水後還可通過導管給藥， 但須注意腹水中含有大量蛋白類， 大量排液應及時補充營養。 ②為患者最大的痛苦， 可先用一般止痛藥， 用任何止痛劑易均無效者可試用酒精注入脊髓膜腔。 ③如患者一般情況好， 可施行結腸腹壁， 造口術或輸尿管移植術， 可解除患者的排泄障礙及由此引起的水電平衡紊亂， 酸中毒等。
對惡性卵巢囊腫的治療是很難徹底的， 當然也要根據患者的實際情況來分析， 這方面您就需要和有關醫生進行詳細的諮詢了。
