卵巢是卵子發育、成熟、排出的場所， 而各個不同階段的卵泡在卵巢皮質， 若卵巢遭受到破壞， 使卵子發育、成熟及排出受損， 就會導致不孕。 卵巢囊腫屬於卵巢腫瘤的一種， 其引起不孕的機制與干擾排卵功能有關。 若囊腫較小， 不影響卵巢排卵， 就不會影響懷孕。 若囊腫佔據了整個卵巢， 且分泌一些激素， 影響到排卵， 對懷孕就會有一定影響。
某些含有內分泌功能的卵巢囊腫， 如卵巢甲狀腺瘤、卵巢顆粒—卵泡膜細胞瘤、睾丸母細胞瘤等， 可因其所含腫瘤組織成分不同而產生某些相應激素， 從而干擾了卵巢激素的正常分泌和排卵，
另外， 巧克力囊腫對生育有一定程度的影響， 不過臨床上碰到少數巧克力囊腫病人， 也懷孕了。 根據病情， 如果能夠實施手術剔除卵巢囊腫， 保留正常的卵巢， 那麼生育的機會還是很大的。 做了手術以後， 要注意另外一個問題， 有可能產生盆腔粘連， 可能會影響到輸卵管， 影響排卵影響懷孕。
需要注意的是， 卵巢對於女性， 特別是生育年齡的女性， 至關重要， 不是萬不得已， 不能輕易切除。 傳統的手術治療方式是開腹手術， 近年來發展起來的微創手術有腹腔鏡手術、電子導航微電機介入技術， 通過剔除囊腫而將卵巢組織保留下來，
