持續高水準的乙肝病毒複製， 是發展成為肝硬化或肝癌的高危因素， 而有效的抗病毒治療可減少肝硬化和肝癌的發生率。 選用抗病毒藥物， 應根據病人的年齡、病情輕重、是否合併有肝硬化、病毒載量有無變異、是否應用過抗病毒治療、是否合併其他疾病等情況來綜合判斷。
一般來講， 首選核苷類抗病毒藥物， 如拉米夫定、阿德福韋酯、恩替卡韋、替比夫定， 用藥至少需要1年以上， 以減少疾病反彈的機會。
重型肝炎患者服用拉米夫定， 可有效抑制病毒複製， 降低血清及肝組織內的病毒載量， 並改善肝組織的炎症壞死程度。
阿德福韋酯能抑制病毒複製， 有效降低病毒載量， 特別是對於拉米夫定耐藥的患者仍然有效。 因此可用于拉米夫定治療後發生病毒變異的病例， 也可以用於中、重度肝功能不全的患者。 其常用劑量是安全的， 但應用大劑量可能出現腎毒性。
恩替卡韋是HBVDNA聚合酶的有效抑制劑， 可抑制病毒複製的啟動和延長步驟， 發揮作用較快， 作用更強， 對拉米夫定耐藥的病毒株也有明顯的抗病毒作用。
對e抗原陽性、無肝硬化失代償、年輕、病毒載量低的患者， 可使用干擾素進行治療， 療程至少6個月。 如果患者病毒載量偏高、有干擾素的禁忌症、用干擾素治療無效或肌注後出現高燒不能耐受者，
值得注意的是， 對於急性乙肝伴有骨髓抑制或糖尿病的病人， 不宜給予抗病毒治療;重型肝炎病人， 不能用干擾素治療， 以免加重肝細胞壞死。
急性丙肝(HCV)感染的慢性化發生率高達50%～85%， 進展為肝癌的平均時間約20年， 較HBV感染後發展為肝癌的平均時間短。 因此， 一旦確診為急性丙肝， 應及時給予抗病毒藥物治療， 在醫生指導下應用長效干擾素和利巴韋林， 足量、足療程給藥， 不能輕易停藥， 以避免造成病情波動和反復。
