典型的強直性脊柱炎或晚期強直性脊柱炎的診斷並不困難， 然而在強直性脊柱炎的早期或症狀不典型時， 常常需要與一些疾病相鑒別， 以免發生誤診。 下面介紹三種容易與強直性脊柱炎相混淆的疾病， 分別是類風濕性關節炎、椎間盤變性和青年期骶髂骨骺炎。
1. 類風濕性關節炎
強直性脊柱炎最容易與類風濕性關節炎相混淆， 兩者具有很多共性， 發病年齡大致相似， 多為青壯年。 但是類風濕性關節炎多見於女性， 而強直性脊柱炎多見於男性， 女性患者極為少見， 兩者發病方式、侵犯關節、初次發病部位等均有不同。
2. 椎間盤變性
椎間盤變性也有部分症狀與強直性關節炎相似， 但是椎間盤變性常由外傷或者骨關節炎引起， 因形成脊髓疝核而造成根性壓迫症狀。 疼痛部位沿坐骨神經分佈， 通常為單側性， 同側可出現輕癱。 伸腿抬高試驗為陽性， 常出現異常神經反射。
3. 青年期骶髂骨骺炎
好發于青年男性， 以胸腰段病變為主。 頸椎和腰椎的生理前凸因代償而增加， X線片見胸腰段的多數椎體呈現前窄後寬的鍥型改變， 而且其前後徑增長。 患者成年後， 多數椎體前緣可見唇樣骨質增生。
