肝癌檢查中常會進行甲胎蛋白的檢測， 除此之外也會進行γ-穀氨醯轉肽酶及凝血酶原等物的檢查， 這些標誌物的含量變化往往提示肝癌的發生與否。
1.甲胎蛋白：甲胎蛋白是最常用的肝癌的診斷標誌物。 甲胎蛋白是胎兒時期肝臟合成的一種胚胎蛋白， 出生後消除， 但當肝細胞惡變後肝臟又可重新獲得這一功能， 正常人血清中可測出微量， 小於20μg/L水準。
肝癌患者中甲胎蛋白升高者占60%~70%， 通常血清中甲胎蛋白於腫瘤大小有關， 但個體差異較大， 孕婦、新生兒及睾丸或卵巢的生殖腺胚胎癌患者亦可出現甲胎蛋白升高。
2. γ-穀氨醯轉肽酶：γ-穀氨醯轉肽酶在肝癌發生時也升高， 但特異性比較低， 肝炎、肝硬化、膽道疾病患者的γ-谷氨醯轉肽酶也會升高， 因此， 對診斷肝癌的價值不大， 但是， γ-穀氨醯轉肽酶是一組同工酶組成的， 所謂同工酶指生物體內催化相同反應而分子結構不同的酶， 如果用生物化學的方法， 將這些同工酶分離， 就可以發現其中的同工酶Ⅱ， 其診斷肝癌的價值大， 敏感性和特異性都比較高。
3.凝血酶原：正常肝細胞能夠合成凝血酶原， 它是重要的凝血因數， 肝癌細胞合成凝血酶原的功能發生障礙， 會產生一種異常的凝血酶原， 這種異常的凝血酶原在分子結構和功能不同于正常凝血酶原， 通過生物化學的方法能夠檢測出來，
4.其他肝癌標誌物：其他的肝癌標誌物還包括血清岩藻糖苷酶、酸性鐵蛋白等， 這些物質對肝癌診斷也有一定的敏感性和特異性， 可做參考之用。
