一般地講， 中草藥的副作用比人工合成的西藥要小些， 但也有些藥物毒性較大， 如紅砒石、白砒石、水銀、斑蝥、青娘蟲、紅娘蟲， 生藤黃等。 毒性稍輕些的有：白附子、生附子、生川烏、生草烏、生半夏、馬錢子、巴豆、生天南星、生甘遂、鬧羊花、天仙子、蟾酥、土木鱉、呂宋果、雲軸子、楓茄子、楓茄花， 生硫磺、巴豆霜、白降丹、罌粟殼等。 當使用這些藥物時， 必須慎重， 如楓前花浸酒， 口服可治療風濕性關節炎， 劑量過大， 常會引起中毒死亡。 因此， 有毒性的中草藥必須在醫師指導下服用。
那麼， 平時在中藥方劑中常用半夏、天南星、附子、川烏、草烏等，
一方面是由於對這些藥物進行了炮製， 如生半夏口服會引起嘔吐。 唇舌發麻。 聲音嘶啞等副作用， 而生半夏用薑汁、明礬、鹽等炮製後， 其毒性大為降低。
另一方面， 還要掌握正確的使用方法， 如水銀用做主藥治療皮膚癌、宮頸癌時， 只能限於外用， 嚴禁內服， 不然會發生汞中毒。
有些中草藥雖然毒性輕微， 若使用劑量過大， 則會產生嚴重毒副作用。 如木通有通乳作用， 若用其大劑量（50克）與豬蹄同煮， 服後會發生腎功能損害。 又如白果， 因其含有微量氫氰酸， 在過量情況下， 就會出現發熱、嘔吐、腹瀉、驚厥、抽搐、肢體強直、皮膚青紫、瞳孔散大、脈弱而亂， 甚至昏迷不醒等中毒現象。
當需要用一些有毒性的中草藥時，
