無論是保健型還是治療型漱口水， 都不適合在非醫生指導條件下長期大量使用， 否則可能引起口腔菌群失調和其他副作用。 “現在很多人喜歡每天多用幾次漱口水代替牙膏或牙線清潔口腔， 其實很容易導致口腔菌群失調， 從而引發更多口腔疾病的發生。 ”他進一步解釋， 不少漱口水中含有消炎成分， 而消炎其實就是抑制某類口腔菌群繼續發展， 在此情形下， 口腔內其餘菌群可以自由生長、不斷增多， 由此導致天然環境下人體口腔菌群比例失調， 從而走向炎症、齲齒等其他口腔疾病。 所以， 漱口水不宜頻繁使用，
走進超市， 在牙膏、牙刷、牙線等潔牙用具的貨架旁邊， 往往可見琳琅滿目的各大品牌漱口水陳列架。 漱口水以其能在幾十秒內快速清潔口腔、並令口氣清新等特點越來越受市民青睞。 對此， 專家提醒：雖然大量漱口水作為日常用品可自行購買， 但無病人群長期使用或會破壞口腔菌群平衡， 建議遵醫囑使用。
大多數情況下， 醫生可能根據患者牙周疾病特點， 選擇使用漱口水鞏固和維持療效。 但此類治療型漱口水必須在專業醫師指導下使用，
市民在超市接觸較多的漱口水則基本為“消字型大小”產品， 此類保健功效為主的漱口水作用在於幫助人們祛除食物殘渣， 並通過短時間作用消滅口腔內部分細菌， 重點在於保持人們口腔清潔、預防多種口腔疾病。
然而， 專家卻指出， 其實並非每個健康個體都需要依賴漱口水説明日常清潔， 在採用時必須綜合權衡利弊。
