引起習慣性流產的原因也比較複雜， 人們只對部分病因及發病機制認識比較深入， 除此之外， 還有40%左右的習慣性流產原因不明， 這其中70%左右疑為免疫因素所引起。 免疫因素造成習慣性流產的原因是：胎兒是一個既帶有母系遺傳基因又帶有父系遺傳基因的新的個體， 在母體子宮內生長發育直至分娩， 胎兒與母體存在著免疫對抗和平衡。 一旦母、胎雙方發生免疫不協調， 往往可引起母體對胎兒的排斥而導致流產。
一般來說， 習慣性流產的女性在準備再次懷孕前， 需首先排除非免疫性因素，
如果上述檢查均正常， 就應考慮進行免疫相關因素檢查了。 目前來說以下幾點免疫因素與流產有關：
1、抗磷脂抗體陽性：在自身免疫性疾病、某些感染及藥物的作用下， 往往可見抗磷脂抗體， 常與中晚期流產有關；
2、封閉抗體缺乏：封閉抗體對胎兒可起到保護作用， 當這種抗體缺乏時， 胎兒容易招致母體致敏淋巴細胞攻擊而發生流產。
3、人類白細胞抗原（HLA）：習慣性流產者夫婦間的HLA共同抗原比一般人多， 這不利於激發母體在受孕後相應足夠的“封閉抗體”保護胎兒。
4、母體免疫平衡失調：如輔助下淋巴細胞增高而抑制性T淋巴細胞下降，
5、母體缺乏抗胎兒父方的淋巴細胞抗體。
6、ABO血型不合。 如母血為O型， 父血為A型或B型者， 就有可能發生母胎ABO血型不合， 引起流產率增高。
綜上所述， 免疫與習慣性流產是密切相關的， 因此對習慣性流產患者在排除其它病因的情況下， 可針對免疫因素進行檢查診治。
