先天性的輸卵管發育異常比較少見， 由於結構特殊， 即使發生異常也不容易被發現， 常與生殖道發育異常並存， 導致不孕或宮外孕。
1.輸卵管缺失
1)一側輸卵管缺失與單角子宮同時存在， 因胚胎早期一側苗勒氏管未能形成所致。
2)真兩性畸形有睾丸或卵睾側可能不形成輸卵管。 因在胚胎分化早期睾丸組織的支援細胞受H-Y抗原的影響， 產生抗苗勒氏管因數， 使同側苗勒氏管不能形成或抑制其分化發育。
3)雙側輸卵管缺失， 多數與先天性無子宮或僅有殘遺子宮畸形並存。 因為雙側苗勒氏管未形成或發育受阻有關係。
2.輸卵管發育不良 輸卵管細長， 肌層薄弱， 收縮力差， 對精子， 卵子或受精卵運送遲緩， 容易發生不孕或異位妊娠。 輸卵管部分缺失或無管腔的實性輸卵管。
3.雙輸卵管或副輸卵管 雙側或單側雙輸卵管， 可能都通入宮腔， 也可能有一條較細小不通宮腔稱為副輸卵管， 原因不清。 在胚胎發育中副中腎管穿破形成多口輸卵管。
4.輸卵管憩室 輸卵管憩室較易發生在壺腹部。 容易發生輸卵管妊娠。
診斷
輸卵管先天性畸形不易被發現， 原因首先是常與生殖道先天畸形同時存在而被忽略， 其二是深藏在盆腔側方。 常用的診斷方法， 子宮輸卵管造影術後發現單角子宮單側輸卵管或雙輸卵管。 腹腔檢查可能發現各種畸形。
