少數肛周膿腫用抗生素, 熱水坐浴及局部理療等可以消散, 但多數需要手術治療, 手術有兩種方式。
1.單純性膿腫的治療可在截石位或側臥下, 用局麻或腰麻, 在膿腫部位做放射狀切口, 放出膿液後, 伸入示指探查膿腔大小, 分開其間隔。 必要時將切口邊緣皮膚切開少許, 以利引流, 最後用凡士林紗條放入膿腔做引流。
2.膿腔與肛瘺相通的膿腫可在切開膿腫後, 用探針仔細檢查內口, 然後切開瘺管, 適當切除皮膚和皮下組織, 內口周圍組織也稍加切除, 使引流通暢。 如內口較深, 瘺管通過肛管括約肌,
3.術後護理此病治癒重在術後換藥, 切口常規換藥, 甲硝唑抗感染, 使用紫草紗條覆蓋創面, 加用康復新液沖洗膿腔, 並以浸有康復新液的紗條覆蓋創面。 膿腫術後採用康復新液配合常規藥物換藥, 可在創面形成一層保護膜, 不僅使創面保持濕潤, 而且還能促進切口肉芽組織生長, 加快切口癒合。