在沒有更加安全的替代藥品時， 醫生應權衡治療疾病的需求與承受不良反應的可能性之間的利與弊， 綜合篩選藥品和正確的使用方法。
具體原則包括：
謹慎下藥。
權衡利弊， 確定是否需要用藥。 許多疾病（如感冒、高脂血症等）只要合理安排生活、調理飲食、加強鍛煉， 便可不治而愈。 嬰幼兒和老人更不應動輒服藥。
對症下藥。
要正確使用藥物， 不可隨意決定吃藥的方法和時間。
用藥個體化。
藥物劑量、用藥時間應視病情和個體反應而定， 副作用大的藥物不應長期連續服藥。
用藥少而精。
資料表明， 使用1～5種藥物時， 不良反應的發生率為3.4%；使用6種以上的藥物時， 不良反應的發生率為24.7%。 可見， 同時服用多種藥物會大大增加不良反應的發生率。
加強用藥監測。
長期服用某些藥物者，
應定期去醫院做檢查，
以預防藥品不良反應的發生。
一般來說， 大多數常見藥品的不良反應是輕微的， 停藥後就會消失， 不需要特別處理。 一旦出現較為嚴重的藥品不良反應， 患者應該立即停藥， 並諮詢專業醫生或藥師， 及時接受診治。
