實驗室檢查
血膽紅素增高：以直接膽紅素為主， 尿膽紅素陽性， 由於膽紅素從膽汁中排出減少， 糞膽原及尿膽原均減少。
血清鹼性磷酸酶增高：鹼性磷酸酶的來源是膽小管上皮， PBC可在臨床症狀出現之前即有鹼性磷酸酶的明顯增高。
血脂增高：特別是磷脂和膽固醇增高最明顯， 甘油三酯可正常或中度增高。
肝功能檢查：血清膽酸濃度增加， 凝血酶原時間延長， 早期注入維生素K後可恢復正常， 晚期肝功能衰竭時則不能矯正。 血清白蛋白在疾病早、中期正常， 晚期則減少;球蛋白增加， 主要為α2、β及γ球蛋白增高。
免疫學檢查：抗線粒體抗體的陽性率可達90％～100％， 可作為診斷的重要參考。 此抗體在慢性活動性肝炎的陽性率為10％～25％， 少數隱匿性特指肝硬化、系統性紅斑狼瘡及類風濕性關節炎也可陽性。 1/3患者有抗膽管細胞抗體， 少數有抗平滑肌抗體和抗核抗體， 1/2類風濕因數陽性。 血清IgM可增高。
膽道造影
可用靜脈法、經皮經肝膽管造影或內鏡逆行膽管造影法， 以除外肝外膽道梗阻。
肝穿刺活檢
活體病理檢查， 有確診價值， 但如膽汁淤積嚴重， 或有出血傾向應慎重考慮， 必要時行剖腹探查並活檢。
