克羅恩病的發病機制複雜多樣， 目前尚未完全明確， 多年來研究者認為環境因素與克羅恩病的發病關係密切， 其中以下幾點可能為克羅恩病的病因。
1.感染
多細菌感染可能為克羅恩病的病因之一， 其中類結核分枝桿菌與克羅恩病的關係已受到重視並且進行了大量的研究， 並有證據表明與之相關， 如克羅恩病病變呈慢性肉芽腫性炎症， 與分枝桿菌感染表現的肉芽腫性病變相似；從患者腸粘膜、腸系膜肉芽腫中可以分離出分枝桿菌；多數克羅恩病患者血清學檢查和PCR檢測支援該菌感染等。
2.飲食
流行病學調查提示飲食也可能是克羅恩病的危險因素。 早在20世紀40年代有人提出克羅恩病可能由牛奶過敏引起， 在治療出克羅恩病時採用無牛奶食譜。 此外， 麵包的酵母、高糖、低纖維素飲食、甚至牙膏， 曾懷疑是克羅恩病的危險因素， 但均未被證實。 最近， 有研究者調查了現代飲食與克羅恩病的關係， 發現可拉飲料、巧克力與克羅恩病呈正相關， 即食用這些食物量越多， 發病風險越高。
3.腸道菌群
有研究表明正常腸道菌群對克羅恩病的發生發展也起到重要作用：①克羅恩病的腸道炎症病變常發生在細菌密度高的部位， 如患者腸病變部位如潰瘍或腸瘺處， 大腸桿菌和鏈球菌移居的陽性率達60％以上；②正常腸菌可產生多肽化學趨化物質，
