通知指出， 基地建設內容為提升中醫藥臨床科研基本條件， 加強疑難重大疾病和臨床診療有明顯中醫藥特色和優勢的重點病種研究， 促進中醫藥學術思想、診療技術的傳承與創新， 加強相關科研平臺和人才隊伍建設， 推動醫院科研管理機制創新， 提高中醫藥臨床科研的整體水準。
通知明確了申報單位應符合的基本條件， 要求各省級中醫藥主管部門根據申報要求， 按照扶優扶強的原則， 組織開展基地申報工作。
國家中醫臨床研究基地建設專案由國家發改委和國家中醫藥管理局於2008年共同啟動實施， 第一批23家建設單位（基地建設單位16家， 參與建設單位7家）已順利完成兩個階段的建設任務， 通過驗收。
