AS的病因目前尚未完全闡明，
大多認為遺傳、感染、免疫環境因素等有關[10、11]。
1.遺傳 遺傳因素在AS的發病中具有重要作用。
據流行病學調查，
AS病人HLA-B27陽性率高達90％～96%，
而普通人群HLA-B27陽性率僅4%～9%；HLA-B27陽性者AS發病率約為10%～20%，
而普通人群發病為1‰～2‰，
相差約100倍。
有報導，
AS一組親屬患AS的危險性比一般人高出20～40倍[12]，
國內調查AS一級親屬患病率為24.2%，
比正常人群高出120倍。
HLA-B27陽性健康者，
親屬發生AS的機率遠比HLA-B27陽性AS病人親屬低。
所有這些說明HLA-B27在AS發病中是一個重要因素。
但是應當看到，
一方面HLA-B27陽性者並不全部都發生脊柱關節病，
另一方面約有5%～20%脊柱關節病病人檢測HLA-B27呈陰性，
提示除遺傳因素外，
還有其他因素影響AS的發病，
因此HLA-B27在AS表達中是一個重要的遺傳因素，
但並不是影響本病的唯一因素[13、14]。
有幾種假設可以解釋HLA-B27與脊柱關節病的關節：①HLA-B27充當一種感染因數的受體部位；②HLA-B27是免疫應答基因的土改的，
決定對環境激發因素的易感性；③HLA-B27可與外來抗原交叉反應，
從而誘導產生對外來抗原的耐受性；④HLA-B27增強中性白細胞活動性[15]。
籍助單克隆抗體、細胞毒性淋巴細胞、免疫電泳及限制片段長度多形態法（restriction fragment length polymorphism），
目前已確定HLA-B27約有7種或8種亞型[1]。
HLA-B27陽性的健康者與脊柱病病人可能有遺傳差別，
例如所有HLA-B27個體都有一個恒定的HLA-B27M1抗原決定簇，
針對此抗原決定簇的抗體可與HLA-B27交叉反應。
多數HLA-B27分子還有M2抗原決定簇。
HLA-B27M2陰性分子似乎比其他HLA-B27亞型與AS有更強的聯繫，
尤其是亞洲人，
而HLA-B27M2陽性亞型可能對Reiter綜合征的易感性增強。
現已證明，
HLA-B27M1與M2兩種抗原決定簇和致關節因素紹克雷白菌、志賀桿菌和那爾森菌能發生交叉反應。
反應低下者似乎多表現為AS，
反應增強者則發展為反應性關節炎或Reiter綜合征。
2.感染 近年來研究提示AS發病率可能與感染相關。
Ebrimger[16]等發現AS病人大便中肺炎克雷白菌檢出率為79%，
而對照組＜30%；在AS活動期中腸道肺炎克雷白菌的攜帶率及血清中針對該菌的IgA型抗體滴度均較對照組高，
且與病情活動呈正相關。
有人提高克雷白菌屬與HLA-B27可能有抗原殘期間交叉反應或有共同結構[17、18]，
如HLA-B27（宿主抗原殘基72至77）與肺為克雷白菌（殘基188至193）其有同源性氧基酸序列，
其他革蘭陰懷菌是否有抗體與這種合成的肽序列結合，
HLA-B27陽性AS病人有29%，
而對照組僅5%[15]。
Mason等統計，
83%男性AS病人合併前列腺炎，
有的作者發現約6%潰瘍性結腸炎合併AS；其他報導也證實，
AS的病人中潰瘍性結瘍炎和局限性腸炎發生率較普通人群高許多，
故推測AS可能與感染有關。
Romonus則認為可能盆腔感染經淋巴途徑播散到骶髂關節，
再經脊柱靜脈叢播散到脊柱，
但在病變部位未能找到感染原（細菌或病毒）。
3.自身免疫 有人發現60%AS病人血清補體增高，
大部分病例有IgA型類濕因數，
血清C4和IgA水準顯著增高，
血清中有迴圈免疫複合物（CIC），
但抗原性質未確定。
以上現象提示免疫機制參與本病的發病。
4.其它 創傷、內分泌、代謝障礙和變態反應等亦被疑為發病因素。
總之，
目前本病病因未明，
尚無一種學說能完滿解釋AS的全部表現，
很可能在遺傳因素的基礎上的受環境因素（包括感染）等多方面的影響而致病。
