針灸理論在繼續發展。 晉朝時皇甫謐類集黃帝三經——《靈樞》、《素問》、《黃帝明堂經》而編成《針灸甲乙經》， 成為最早的針灸學專著， 也成為黃帝針派之正脈。 另一方面， 針灸名醫諸家也不斷總結前人和自己的臨證經驗， 新的“明堂”著作（如《扁鵲針灸經》、《華佗針灸經》、《龍銜素針經》、《金騰灸經》、《釋僧匡針灸經》等）不斷問世。 這些腧穴著作在定位、歸經、主治以及刺灸方法上均有不同特點而各自成一家之言。
針灸治療方面， 有宣導“針不可灸”、“針灸並用”， 更有“針可以殺生人， 不可起死人”而棄針言灸者。 就針刺而言， 又有“火針”與“白針”並舉，
