肉芽腫性前列腺炎在臨床上, 按病因分類可分為4大類, 分別是:
1非特異性肉芽腫性前列腺炎, 大約占肉芽腫性前列腺炎的70%, 常常繼發於近期的尿路感染。
2經尿道術後或針吸活檢術後發生的肉芽腫性前列腺炎, 大約占肉芽腫性前列腺炎的24%, 包括經尿道前列腺電切術和經尿道膀胱腫瘤電切術, 大約有一半的患者可在手術後6個月內發病。
3特異性肉芽腫性前列腺炎, 約占肉芽腫性前列腺炎的3%, 病原微生物包括細菌、結核菌、布氏桿菌、梅毒螺旋體、病毒及黴菌等, 其中膀胱腫瘤電切術後灌注卡介苗併發肉芽腫性前列腺炎受到廣泛重視,
4系統性肉芽腫病, 約占肉芽腫性前列腺炎的3%, 它是累及全身多器官的肉芽腫性疾病在前列腺的局部表現。