良種是生產優良中藥材的物質基礎, 在整個中藥材產業中具有舉足輕重的地位, 也是當前中藥材產業全面發展面臨的一大重要課題。 中藥材良種選育除了和普通農作物一樣觀察產量、抗逆性等, 還必須堅持對整個生育期各個生長發育階段以藥用成分為指標的品質監控。 良種選育的方法很多、應用也十分靈活, 但歸納起來最基本的方法有單株選育和混合選育法兩種。
單株選育法:在原始群體中選擇優良個體分別收穫、保存, 再分別撥中成株行, 進行鑒定比較, 淘汰不符合要求的株行, 選擇有兩株行。
混合選擇法:從品種群體中按一定的經濟性狀和特性(如成熟期、株高、產量、品質性狀等), 選出優良個體(單株), 混合收穫, 一年混合播種, 與原品種和標準品種進行比較。 此法由於將入選的個體混合收穫, 混合撥中, 因而不能進一步鑒定入選個體後代性狀表現, 這樣便可能把優良條件表現好而遺傳性狀並不理想的個體誤選。 同時,
在中藥材育種工作中, 要根據藥用植物種類, 材料的變異和優良程度, 與改良性狀的遺傳特點及育種任務等而靈活應用選育方法。 除上述方法外, 還可以用物理、化學或基因工程的方法培育中藥材優良品種。 但無論採用何種方法, 都必須在中藥材品質監控下進行。