當前山藥主要發生的病害有三種， 分別是枯萎病、炭疽病和褐腐病。 這三種病害主要通過雨水及澆水傳播， 而現在正處在高溫多雨期， 也為這三種病害的發生創造了條件。
枯萎病
症狀：發病初期主要表現為莖基部出現梭形褐色斑塊， 病斑逐漸向四周擴展， 導致莖基部表皮腐爛， 上部葉片黃化脫落， 藤蔓枯死， 病莖內部變褐， 塊根染病會導致皮孔的四周產生圓形至不規則形褐色病斑。
防治方法：1.選擇無病的山藥栽子作種， 必要時在栽種前用70%代森錳鋅可濕性粉劑1000倍液浸泡山藥嘴子10~20mm後下種。 2.入窖前在山藥嘴子的切口處塗1:50石灰漿預防腐爛。
炭疽病
症狀:葉片上的病斑圓形至橢圓形， 中間灰白色至暗灰色邊緣呈深褐色， 後期病部生有小黑點；莖部病斑呈中間灰白色， 四周黑色的不規則形斑， 嚴重時病斑連成片至全株變黑枯死。
防治方法：1.播種前用50%多菌靈可濕性粉劑600倍液浸種。 2.出苗後噴灑1:1:50的波爾多液預防， 每10天一次連噴2~3次。 3.發病初期用58%甲霜靈·錳鋅可濕性分劑500倍液、68%金雷多米爾水分散粒劑1000倍液、80%炭疽福美可濕性粉劑800倍液、50%翠貝幹懸浮劑3000倍液、70%甲基托布津可濕性粉劑1500倍液、50%撲海因可濕性粉劑1000倍液、50%施保功可濕性粉劑1500倍液、25%火把可濕性粉劑1000倍液等，
褐腐病
症狀：塊莖染病後病部呈壞腐狀不規則褐斑， 稍凹陷， 病塊常畸形。
防治方法：發病初期噴灑70%甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液加75%百菌清可濕性粉劑1000倍液， 或50%甲基硫菌靈·硫磺懸浮劑800倍液， 連續防治2~3次。
