黑木耳對膽結石、腎結石、膀胱結石、糞石等內源性異物也有比較顯著的化解功能。 黑木耳所含的發酵和植物堿, 具有促進消化道與泌尿道各種腺體分泌的特性, 並協同這些分泌物催化結石, 滑潤管道, 使結石排出。
同時, 黑木耳還含有多種礦物質, 能對各種結石產生強烈的化學反應, 剝脫、分化、侵蝕結石, 使結石縮小, 排出。 對於初發結石, 保持每天吃1-2次黑木耳, 疼痛、惡嘔等症狀可在2-4天內緩解, 結石能在10天左右消失, 對於較大較堅固的結石, 其效果較差, 但如長期食用黑木耳, 亦可使有些人的結石逐漸變小變碎,