現在治療肛瘺比較好的治療手段是手術治療， 且手術的成功率也跟高， 只要找到找到並正確的處理內口， 同時術後的創面引流通暢也是傷口癒合的必要保證。 同時在術後保持適當的運動也是可以增加治癒的步伐。
患者在手術過程中， 絕大部分病變、壞死組織已在術中切除， 但有時由於病變部位過高， 一時難以全部切除， 或由於術中創面出血較多， 較難處理， 需要手術以後通過每天換藥得到治療。
個別的空腔彎曲， 或成弧形， 換藥難度較大;如在肛管直腸環處掛線， 由於橡皮筋阻擋影響， 一般引流欠暢，
每次換藥以後或飯後， 如身體情況允許， 疼痛尚可忍受， 應鼓勵病人在室內多走動， 即使躺在床上也應經常變換體位， 一方面可使創口內分泌物及時外流， 保持通暢， 另一方面也可促進胃腸功能的儘快恢復， 增加飲食的攝入量， 保證大便的通暢;還可促進機體及肛門直腸局部血液迴圈的加強， 防止局部組織水腫， 促使創面儘快癒合。
