具有典型臨床表現或從尿中排出結石者診斷並不困難，
醫生首先需要詳細地瞭解病史、飲食習慣、家族史、既往疾病（小腸、膽道、尿路感染及用藥史），
以及患者所具有的典型症狀，
作為腎結石診斷的臨床依據。
（1）腰部的隱痛和鈍痛：如結石位於腎一輸尿管交界梗阻嵌頓，
可產生典型的腎絞痛，
突然發生，
向背部、輸尿管、下腹部和會陰部放射，
常由不太大的結石引起，
而大結石或鑄型結百反而無典型的腎絞痛。
（2）血尿：多為鏡下血尿，
亦可表現肉眼血尿。
（3）膿尿：結石合併感染，
可排出混濁的膿尿，
伴尿頻、尿急、尿痛症狀。
（4）無尿：雙腎結石或單腎結石引起梗阻可引起無尿。
（5）排石症狀：絞痛發作後， 排出尿中有石沙或小結石。
（6）腎絞痛發作或腎結石梗阻合併感染， 腎區可有明顯觸痛及叩擊痛；腎嚴重積水時， 上腹部或腰部可捫及包塊。
此外， 腎結石的診斷還需要另一主要依據即X線檢查， 凡有典型腎絞痛伴有血尿的症狀， 拍一張包括腎、輸尿管、膀胱的X線片， 絕大多數結石都可在X線片上顯示出來， 如果還不能肯定， 則要用靜脈腎盂造影或膀胱鏡檢查來確定診斷。
