1.肝硬化：
目前臨床已將肝硬化確定為肝癌的癌前病變。 是原發性肝癌的主要病因， 肝硬化時， 肝細胞的轉換率變快， 對環境中的致癌因數更加敏感。
2.病毒性肝炎：
原發性肝癌患者的血清乙型肝炎標誌物的陽性率高達90%。 可見， 原發性肝癌的發生率與HBV攜帶狀態的流行之間存在著互相關係。 而且動物實驗和人體研究都支持HBV有直接致癌作用， 因此幾乎可以肯定HBV在原發性肝癌的發病過程中是一個始發因數， 也是主要的病因。
3.遺傳：
在肝癌高發區發現肝癌有顯著的家族聚集性，
4.酒精：
飲酒可導致酒精性脂肪肝、酒精性肝炎、酒精性肝硬化等多種慢性肝病， 並且能夠增強HBV、AFT等誘發原發性肝癌的作用， 但促癌機制還未明確。
5.微量元素：
目前在微量元素與肝癌關係的研究發現， 肝癌死亡率與環境中硒含量呈負相關， 與居民血硒水準呈負相關。 調查發現肝癌流行區水、土壤、糧食、人頭髮及血液中含銅、鋅較高， 鉬較低。
6.黃麴黴素毒素：
黃麴黴毒素B1是動物肝癌最強的致癌劑， 在肝癌高發區尤其是南方以玉米為主糧的地方調查提示肝癌的發生可能與黃麴黴毒素對糧食的污染有關，
7.其他：
原發性肝癌的病因還與水污染、遺傳因素、微量元素、性激素、亞硝胺以及農藥污染等多種因素有關。
