目前常用白百破（DPT， 白喉類毒素、百日咳疫苗、破傷風類毒素）三聯疫苗， 對出生3～6個月的嬰兒進行基礎免疫， 皮下注射三次。 在流行期， 1個月的患兒即可接受疫苗接種。
強調全程免疫， 以後再按規定加強。 百日咳疫苗偶可引起腦病等神經性反應， 故原有腦部疾患或驚厥性疾病、或首劑百日咳疫苗注射後曾有驚厥者， 一概不應再予注射。 乙型腦炎流行季節也不進行百日咳疫苗注射。 現用的全細胞百日咳疫苗雖發揮了一定的作用但效果尚不夠理想， 免疫後再患百日咳的兒童和成人發病者屢有報導。
無細胞百日咳疫苗：即使用百日咳桿菌的某些組成部分， 而不是用全個百日咳桿菌製成的百日咳疫苗， 其保護效果較全細胞百日咳疫苗好， 同時避免了全細胞疫苗的副反應。
1981年日本Sato開始用以百日咳毒素（Pertussiu Toxin PT）和絲狀血凝素（Filamentous hemagglutmin FHA）為主要組分的無細胞百日咳疫苗獲得成功。
英、美、瑞典等國家隨後研製各種無細胞百日咳組分的疫苗用於人群最得效果。 已證實無論何種無細胞百日咳組分疫苗， 百日咳毒素（PT）抗原是必不可少的成分。
進一步研究揭示百日咳毒素單克隆抗體（PT-McAb）具有特異性中和體外和體內百日咳毒素的多種生物學活性的特徵， 同時也具有防禦百日咳桿菌感染的保護作用。
