安全性：無論什麼藥物， 首先考慮的都是安全性。 如三環類藥物， 中毒後會導致致死性的心律失常；非三環類的抗抑鬱藥在過量時對心血管的毒性雖不構成嚴重問題， 但5-羥色胺和去甲腎上腺素再攝取抑制劑類藥物（如文拉法辛）在高劑量使用時會出現與劑量相關的血壓升高。 SSRI藥物（舍曲林除外)， 如與其他藥物合用， 易相互作用， 可能引起嚴重後果。 但就目前的研究結果， 在長期應用單一抗抑鬱藥物方面， SSRI類藥的安全性仍較高， 一般列為首選。
耐受性：與三環類和傳統單胺氧化酶抑制劑相比， SSRI類藥物耐受性已有長足的進步， 但它會導致性功能障礙。
療效：對於任何一種抗抑鬱藥物， 都有將近1／3的抑鬱症患者無法取得顯著的療效， 解決這些問題一般採用聯合用藥或使用具有多重作用機制的藥物。 要想獲得較好的抗抑鬱療效， 必須根據患者的不同症狀進行藥物選擇， 但應以不良反應少、安全性高的藥物為首選， 這樣既可減輕副作用， 又能保證療效。
簡便程度：理想的抗抑鬱藥應符合以下幾點：可以從有效劑量起步， 不需要調定劑量；容易確定適宜劑量；不需要特殊的實驗室檢查以檢測藥物毒性；可以每日服1次藥。 現有的抗抑鬱藥中， 符合上述標準的包括多數SSRI類藥物、米他紮平，
