影響夜間視力：由於彩色隱形眼鏡的周邊都上了顏色， 中間所留的圓孔直徑是固定的， 但是人眼的瞳孔卻需要隨著光線的亮度而擴大或縮小。
一般來說， 到了晚上， 人眼的瞳孔通常會大過6毫米。 所以， 長期戴這類彩色隱形眼鏡， 夜間的視力範圍和清晰度可受到影響。
角膜水腫和角膜機械性損傷：彩色隱形眼鏡阻礙了角膜從空氣中得到氧氣， 角膜缺氧造成角膜上皮細胞水腫且易剝落， 使得配戴或取下鏡片時易造成角膜上皮機械性的損傷。 特別是戴鏡初期，
巨乳突狀結膜炎：因為鏡片與結膜接觸， 張閉眼時反復摩擦刺激， 或是對鏡片本身或消毒藥水的過敏反應引起。 主要表現是眼瞼結膜(眼皮的內面)可見紅石榴子一樣的突起。 初期不易被發覺， 嚴重時表現為眼睛發紅、發癢、分泌物多， 戴鏡後便出現鏡片移位、視力模糊、異物感等。
角膜炎和角膜潰瘍：角膜一旦被破壞可導致角膜感染甚至角膜潰瘍穿孔。 病原菌可以是來自於被污染的隱形眼鏡鏡片或護理液， 也可以原本就存在于病人的眼表組織裡。 主要表現為眼睛發紅、怕光、流淚、異物感、看東西模糊， 潰瘍明顯者可以看見黑眼球上白色斑點， 表面凹陷， 並有分泌物。
角膜白斑和角膜血管增生：角膜潰瘍不易治療， 如有幸能夠控制也會形成角膜白斑影響視力， 有時需角膜移植才能挽回。 在長期缺氧的情況下， 血管便由角膜邊緣向中央生長以向角膜提供氧分， 但卻可引致角膜混濁， 甚至失明。
彩色物質泄出而損傷眼睛：由於彩色隱形眼鏡的色彩是滲進鏡片的， 如果生產技術不過關， 日後還可能有彩色物質泄出而損傷眼睛的危險。
保證彩色隱形眼鏡健康配戴的要點
選配時， 要到醫療部門對眼睛進行專科檢查並向醫生進行必要的諮詢;要購買那些通過檢測的廠商生產的合格產品;認真閱讀產品使用說明書， 詢問驗配員關於使用方法和注意事項;注意操作技術準確熟練，
