精神發育遲滯在臨床上應與下列疾病相鑒別：
精神發育暫時性延緩：兒童慢性軀體疾病、病後虛弱狀態、營養不良、服用鎮靜藥物或環境不良、學習條件欠缺等， 都可以造成兒童反應性呆滯、思維貧乏， 容易被誤認為智力低下及精神發育遲滯。 如果改善其生活條件及學習條件或身體康復後， 其智力可迅速恢復。
癲癇：頻繁的癲癇發作及服用苯巴比妥、卡馬西平、丙戊酸類抗癲癇藥物， 都可以使患兒困倦、呆滯、類似智力低下。 兒童精神分裂症：也可以有學習成績低下、淡漠， 對周圍環境接觸及適應不良，
視、聽障礙， 以致適應環境及學習困難：早年耳聾嚴重者常有語言發育障礙， 不要把這些情況誤為精神發育遲滯。 某些腦病所引起的失語、失用、失寫也影響學習及語言能力， 但其一般智力良好。
兒童多動症：有注意力不集中， 學習成績差， 不遵守紀律， 適應社會能力差等特點， 類似精神發育遲滯， 但檢查其智力常常在正常範圍之內， 經督促學習成績可以顯著提高， 服藥治療可以好轉， 以上這些表現可以同精神發育遲滯相鑒別。
正常兒童中也有一部分言語能力、運動能力發育緩慢， 但一般理解及適應環境的能力則仍正常， 一旦功能發育， 能迅速趕上正常兒童， 在各個方面都不顯落後，
