大多數肛瘺是肛周膿腫的後遺症， 肛瘺形成之後， 肛門周圍的外瘺口不斷有少量膿性分泌物排出。 時間長了， 當外口阻塞或假性癒合， 瘺管內膿性液體不能排出， 即形成膿腫。 這種由於引流不暢形成的膿腫， 往往是“疼痛―――流膿―――緩解”反復出現， 這是肛瘺臨床表現的特點。 由於膿液不斷浸漬肛門周圍皮膚而引起瘙癢， 有時可伴發肛周濕疹。
肛瘺治療有藥物、手術療法， 藥物療法主要為服用中西藥、局部坐浴及藥物外用， 一般可減輕症狀， 控制炎症， 但不能徹底治癒。 治癒肛瘺最有效的方法還是手術， 越早做效果越好，
惡變不多， 但仍要警惕
多數肛瘺是不會癌變的， 但仍有少數肛瘺病人可發展為惡性病變， 特別是近年來， 有關肛瘺十年以上惡變為癌的報導增多。 其導致癌變的原因， 大致有以下幾個方面：
1、長期的慢性炎症刺激。 炎症的長期存在， 使得膿性分泌物及糞便從瘺管排出， 從而刺激組織細胞異常增生， 導致惡性病變。
2、細菌感染。 細菌長期存在于瘺管內， 特別是綠膿桿菌或結核桿菌感染， 可不愈， 從而導致癌變。
3、藥物刺激。 長期、大量使用各種局部外用藥， 經常刺激局部， 導致癌變。
