每一種藥學都有自己的“指導思想”， 藏藥也不例外。 在揉合了其他藥學精華的基礎上， 藏藥在長期實踐過程中， 形成了自己獨特的藥學理論。 藏藥學理論認為， 藥物與五行有關， 其性、味、效亦源於五行（土、水、火、氣、空）。 即：土為藥物生長之本源， 水為藥物生長之汗液， 火為藥物生長之熱源， 氣為藥物生長運行之動力， 空為藥物生長之空間。
在臨床中， 藏藥是根據藥物的“六味、八性、十七效”辨證選用的。 藥物六味， 即甘、酸、苦、辛、鹹、澀。 甘味具有增強體力、補氣固本、榮潤膚色之效；辛味具有增生胃溫、健胃消積、鎮靜安眠、驅殺腸胃寄生蟲之效；
鹹味具有熄風、鎮靜、消腫化積、消煩渴、增體力、生血液下死胎之效；澀味具有通淋止瀉、復蘇開竅、榮潤皮膚和驅蟲的功效。
藥物八性
即寒、熱、輕 、重 、鈍 、銳、 潤、燥。 藏醫學把藥物的性與疾病的性同歸為寒、熱兩大類。 藥物與疾病的屬性要對應相治， 即寒與熱， 輕與重， 銳與鈍， 潤與燥是相互對立， 又相互制約的矛盾統一體， 所以在治病時應辨證論治。
十七效
系指藥物對疾病具有十七種對治功效。 寒與熱， 溫與涼， 幹與稀， 潤與燥， 輕與重， 穩與動， 鈍與銳， 柔與剛。 藏藥學理論認為藥物性、味、效與五行有淵源關係， 土性強的藥物具有重、穩、柔、鈍、潤、幹之效， 水性強的藥物具有稀、寒、重、鈍、潤、軟、溫、柔之效，
