肛瘺一般有急性肛門直腸周圍膿腫的病史。 膿腫自破或經手術切開排膿， 從肛門皮膚外口或肛門內流膿， 這些都是診斷肛瘺的主要標誌。
1.觸診
低位肛瘺之瘺管， 在皮下可以摸到繩狀硬條， 由外口行向肛門， 用指按壓， 有膿液由外口流出。
2.望診
可見外口常在肛門周圍皮膚上或臀部形成一突起或凹陷。 周圍皮膚因膿液刺激， 常有脫皮發紅， 有時有肉芽組織由外口內突出。 周圍皮膚紅紫色， 多為結核性瘺管。
3.直腸指檢
常在肛管後側、齒線附近可摸到中心凹陷的小硬結， 有輕微壓痛， 即是原發內口。
4.確定內口位置
因內口是肛瘺的原發病灶， 必須準確定位其內口部位和弄清其數量， 如檢查不清或定位錯誤， 必然會導致治療失敗。 因此在瘺檢查中正確判斷內口的位置及數量， 對治療具有重要的意義。
確定肛痿的內口位置時， 可以採用病理檢查和細菌培養、從病史上判斷內口的位置、碘油造影、肛門鏡檢查、根據外口與肛門的距離來判斷內口的部位、染色檢查、通過探針檢查及通過觸診可以幫助瞭解內口的位置等方法。
5.確定瘺管的深度與括約肌的關係
由於肛瘺的管道通過外括約肌和肛提肌， 有時管道在內括約肌之間走行， 手術中切開管道， 必然要切開有關的括約肌。 特別是通過肛門直腸環的瘺管， 切開肛門直腸環，
6.確定瘺道主體與支體的變化
在肛瘺檢查中， 不能單純從內口的數目， 或瘺管是直的還是彎曲的， 或者從病變的一個平面上瞭解病變的全貌；有時從肛門外部看， 僅一個外口， 症狀也不明顯， 但可能是瘺管很深， 內口尋求比較困難的複雜性肛瘺；有時瘺外口較多， 肛門皮膚病變較大， 但其主管很低， 屬於容易處理的簡單肛瘺。 因此對肛痿的診斷要具體細緻。
7.全身檢查
肛瘺雖然表現為局部病變， 但也與全身情況或某些疾病相聯繫， 絕不能忽視全身檢查。 活動性肺結核患者發生肛瘺， 往往為結核性肛瘺， 且術後創口癒合較慢；骶髂骨結核患者發生的肛瘺，
8.鑒別診斷
對其進行治療時， 應與骶骨部瘺、骶髂骨結核、肛門周圍化膿性疾病、會陰部尿道瘺及先天瘺等病症鑒別開來。
