人工流產和藥物流產相比較， 藥物流產的過程中沒有器械進入子宮內， 流產後引起感染的可能性比較小， 並且子宮內膜受傷的可能性也小。 人工流產的過程中吸引器要進入子宮腔內， 還要刮出子宮內壁的附著物， 操作的醫生如果經驗豐富， 是不會傷及子宮內膜的， 但是如果操作不當會損傷子宮內膜。 子宮內膜就好像是“田地”一樣， 如果子宮內膜傷痕累累， 將來“種子”可能就沒有了生長發育的“土壤”。
想做藥物流產的關鍵是要早， 所以生理週期有規律的人， 懷孕後能即時發現。 藥物流產的適用時間在懷孕的早期（從末次月經的第一天算起的39～49天之中）。
另外， 藥物流產的整個過程比較長， 需要在家先服藥3天， 流產當天再在醫院服用開宮口藥物後， 在醫院觀察若干小時， 由醫生確認胎囊是否排出體外。 還有一點要提醒大家注意的是：藥物流產有5%的失敗率， 如果不成功， 還需要做人工流產補救。
藥物流產後的出血時間比較長， 如果連續出血超過1周一定要即時到醫院就診， 請醫生幫助解決。 自己服用藥物進行流產是很危險的。
除了考慮到今後的生育問題， 選擇藥物流產之外， 子宮比較柔軟的哺乳期婦女選擇藥流也比較安全。
近年來， 還有一種在人工流產過程中配合使用全身麻醉的技術， 手術過程中幾乎沒有痛苦。 適合對疼痛反應比較敏感的人， 也適合對流產有恐懼心理的人。 但是， 要求孕婦的心肺功能正常， 對麻醉劑沒有過敏反應。
專家忠告， 不管是用哪一種方法， 都要在正規的醫院（規定二級甲等以上的醫院才有資格進行這類手術）進行， 千萬不能在不具備執業條件的小診所進行。 否則可能由於炎症引起輸卵管堵塞， 導致不孕的嚴重後果。
不管採用哪種方式， 都是萬不得已的補救措施， 都有一定的危險， 甚至可能危及生命。 最好的辦法是採用適當的避孕手段， 減少意外的妊娠。
