木瓜蛋白酶存在於木瓜的乳狀汁液中。
在尚未熟透的青木瓜中含量最豐富，
大約是熟木瓜的兩倍。
木瓜蛋白酶是一種半胱氨酸蛋白酶，
可以幫助人體分解肉類蛋白質，
還能在一定程度上消滅人體內的某些細菌和蛔蟲。
飯後吃少量木瓜，
可以幫助腸道消化難以吸收的肉類，
對預防胃潰瘍、腸胃炎、消化不良等有顯著功效。
木瓜的維生素C含量很高，
成年人每天吃木瓜100克(約半個中型木瓜)，
即可滿足對維生素C的需要。
木瓜中的維生素E有助於清除體內垃圾，
使膽固醇保持正常水準。
木瓜中的果酸能護肝降酶、降血脂，
為了保住木瓜中的多種營養成分， 建議食用木瓜時首選生吃， 如果想燉制甜品， 最好將木瓜最後放入， 且加熱時間不宜過長， 以免造成營養素的大量流失。
提示：木瓜性寒味甘， 雖有助消化、消暑解渴， 但是胃寒、體虛者多吃易腹瀉， 切記適可而止。 老年人適量食用有助消化， 但一次不可吃得過多。 另外， 木瓜有興奮子宮平滑肌的作用， 孕婦不宜多吃。
