灰指甲的治療根據病情程度的不同, 可分別選用以外治和內治為主的不同方法治療。
輕度
對於表淺的、較輕的、單發的灰指甲, 可先用小刀儘量刮去病甲, 再外擦抗真菌藥, 如30﹪的冰醋酸、咪唑類、丙烯胺類等霜劑或溶液。 每日1~2次, 堅持3個月左右, 大多可達到滿意的治療效果。 拔甲術可治好部分甲病, 但痛苦大, 易復發。 局部用50﹪的碘化鉀或40﹪尿素軟膏後包裹常常效果更好, 且不會造成損傷。 近年來用8﹪環吡酮或5﹪阿莫羅芬甲塗劑, 在甲表面形成一層非水溶性高粘附性的藥膜, 有較強的抗真菌作用。
重度
嚴重的灰指甲常需內服抗真菌藥物。