腎結石的症狀取決於結石的大小， 引起梗阻的程度和有無繼發感染。 在腎盂中不活動的結石而又無感染時， 可長期無症狀， 甚至結石已引起腎功能不足時還無自覺症狀， 只在攝腹部X線照片時偶然發現。 但大多數患者有症狀。
腎結石結石較大時的症狀， 約75%腎結石患者有腰痛。 在腎盂中移動度較小時， 疼痛多為鈍痛， 有時是隱痛。 腎結石結石較小時， 在腎盂內移動度大時。 容易引起腎盂輸尿管聯接部的梗阻而出現腎絞痛的症狀。 腎絞痛是一種突然發生的嚴重疼痛， 從腰部開始， 沿輸尿管向下放射至膀胱。
腎結石第二個重要症狀是血尿， 疼痛和血尿相繼出現是腎和輸尿管結石的特點；尤其是體力活動較多時， 如勞動、運動、騎馬和乘車時突然發生疼痛和血尿。 但血尿一般較輕， 有時肉眼不能看出， 但幾乎每個病例都能在顯微鏡下見到從少數到多數紅細胞， 因此尿的顯微鏡檢查很重要。
一部分患者在臨床上並無結石病的典型疼痛及血尿， 而因泌尿系感染的症狀就醫。 在這一類患者中如不追究引起感染的原發病因， 不做泌尿系平片及靜脈泌尿系X線造影檢查， 就容易忽略結石的存在。
腎結石患者偶有排出結石或小砂粒的病史，
腎結石如不因梗阻引起腎積水或發生繼發感染時， 體格檢查可能出現腎區叩擊痛亦可無異常所見。
