致使機體發病的各種因素， 稱為病因。 土家醫對疾病病因有比較深刻的認識， 概括起來， 可分為瘟氣、飲食， 勞傷、情志、毒傷、內虛等幾個方面。
一、瘟氣
瘟氣是指因自然界的氣候變化失常而產生的一系列致病因素。 自然界是人類生存的場所， 人類依靠自然界提供的清氣、谷氣而生存。 在長期的生活實踐中， 人類對自然界氣候的特點有系統的認識， 並遵從四時氣候的變化而居。 當氣候變化異常時， 即形成瘟氣， 可作用於機體， 導致一系列的超過機體抵禦功能的病理變化， 從而產生疾病。
二、傷食
正常的伙食，
三、勞傷
適度的勞動鍛煉有益於機體全身氣血的暢通， 並可增強肌肉的力量和保持筋骨的強健；適宜的休息， 可消除疲勞， 恢復體力和腦力， 從而保持機體的健康。 如果長期勞累過度或缺乏必要的休息， 則會導致機體功能紊亂， 產生多種疾病， 土家醫謂之“勞傷病”。
四、情志
情志活動， 主要指人的喜樂， 驚怒、悲哀， 憂悔等， 是人們對外在環境各種刺激所引起的不同心理狀態， 屬幹正常的情志活動， 一般不會使人致病， 只有突然、強烈或持久的情志刺激，
情志活動的產生與三元臟器的功能活動密切相關， 土家醫提倡喜樂有度， 悲哀有節， 防驚克怒， 除憂舒悔， 從而保持人體的心腦舒暢。 異常的情志變化常可致三元臟器功能紊亂， 氣血運行紊亂， 傷腦提神， 從而引起一系列病證。 如人驚嚇過度， 可表現為心慌氣亂、腿腳發軟。 驚駭有如千斤樂頂， 使腳不能支撐身體， 從而引起許多全身性疾病， 土家醫稱之力“千斤頂”。
臨床情志異常， 可見神癲、氣癩、風癲、黴癲以及恐嚇驚駭引起的小兒驚癇等病證。
五、毒傷
毒傷包括天毒、篤毒、生毒和無名之毒四類。 毒氣所傷， 多具發病急、變化快、病情重、易致形體；本損傷等特點。
六、內虛
內虛是指機體先天不足， 或後天失養， 而致氣、血、精虧虛， 三元臟器功能減退， 機體抗病能力不足， 常易為各種致病因素侵害而發病， 多表現為慢性病證， 經久不愈。
