流行性斑疹傷寒的預後取決於年齡、患者一般情況、有無併發症、治療早晚等。 有嚴重毒血症、支氣管肺炎、顯著中樞神經系症狀等的預後不良。 同時發生回歸熱者也增加預後的嚴重性。
各次流行的嚴重情況常有明顯差異， 兒童患者的病情一般較輕。 未有特效治療前的病死率為5%～17%， 50歲以上組可達40%～50%。 採用四環素類、氯黴素等治療後預後大有改觀， 病死率約為1.5%。 預防接種後發病， 其病程較短， 病情也較輕。
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