流行性斑疹傷寒病原為普氏立克次體, 與其他立克次體在形態學上並無明顯差別, 在虱腸中發育階段呈多形性變化。 病原體折基本形態為微小球杆狀, 沿長軸排列成鏈狀, 革蘭染色陰性。 通常寄生於人體小血管內皮細胞胞質內和體虱腸壁上皮細胞內, 在立克次體血症時也可附著於紅細胞和血小板上。 病原體的化學組成和代謝物有蛋白質、糖、脂肪、磷脂、DNA、RNA、內毒素樣物質、各種酶等, 其胞壁組成近似革蘭陰性桿菌的細胞壁。
病原體對熱、紫外線、一般化學消毒劑均很敏感, 56℃30分鐘和37℃5~7小時即被殺滅,