無論是開放性手術或腹腔鏡手術治療精索靜脈曲張均有可能發生併發症， 主要常見的有：
陰囊積液或睾丸鞘膜積液
陰囊水腫和睾丸鞘膜積液是手術後最常見的併發症,發生率在3%～40%之間。 目前廣泛認為陰囊水腫的機制和淋巴管的損傷有關。 與精索動靜脈伴行的淋巴管在手術過程中被損傷,導致淋巴液外滲， 局部水腫明顯， 而靜脈已被結紮， 回流受阻， 嚴重者可發生睾丸鞘膜積液。
睾丸萎縮
睾丸萎縮的發生率約為0.2%， 睾丸動脈損傷是Palomo術式難以避免的一個方面， 主要原因為結紮了睾丸動脈， 導致睾丸血供急劇減少，
神經損傷
在經腹股溝精索內靜脈高位結紮術中， 可能損傷的神經有髂腹股溝神經、生殖股神經， 還有幾乎未被提及的精索上神經和精索下神經。 精索靜脈曲張手術中,經腹腔鏡手術過程中生殖股神經損傷的發生率在2%～9%之間， 症狀表現為大腿前內側和手術切口前外側暫時的麻木， 一般出現在手術後0～10d， 症狀維持平均8個月。
輸精管損傷
輸精管損傷是精索靜脈曲張手術理論上的併發症,因為在手術中,輸精管呈白色,觸之質地堅韌,管狀結構,明顯區別于周圍的血管等組織的顏色和結構,任何泌尿及男科的醫師都能正確辨認,並且加以分離,避免無意鉗夾。
