腸道病變主要分佈於結腸， 以直腸、乙狀結腸等部位最顯著， 但升結腸、回腸下端也少見。 急性期的病理變化為彌漫性纖維蛋白滲出性炎症， 腸粘膜彌漫性充血、水腫， 分泌大量滲出物， 間有微小膿腫。 壞死組織脫落形成潰瘍， 潰瘍深淺不一， 但限於粘膜下層， 故腸穿孔和腸出血少見。 發病後約1周， 人體產生抗體， 潰瘍漸癒合。 毒素也可引起內臟病變， 表現在肝、腎小管、心肌、腦細胞變性。 中毒性菌痢的結腸病變很輕， 但顯著的病變為全身小動脈痙攣和滲出性增加， 腦幹出現神經變性、浸潤和點狀出血。 腎上腺皮質萎縮和出血。
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