乙肝患者的自身免疫狀況是影響乙肝患者預後的重要因素， 當人體免疫功能低下， 病毒得不到徹底清除， 肝細胞不斷地受到一定程度的損害， 則表現為慢性遷延性肝炎， 一般預後較好， 但可能發展為慢性活動性肝炎， 則預後不良。
乙肝患者免疫功能低下， 抗體形成不足， 不能有效地中和迴圈中的乙肝病毒， 細胞毒性T細胞不能徹底消滅和消除肝細胞內的乙肝病毒， 還由於抑制性T細胞功能也低， 無法阻止乙肝病毒和肝細胞膜結合產生肝細胞膜特異性抗體， 導致肝細胞持續受損；另外大量抗原抗體複合物的形成，
乙肝患者免疫功能嚴重失調， 初期特異性細胞免疫反應增強， 對大量入侵的乙肝病毒和感染的肝細胞發生強烈的免疫反應， 造成大量肝細胞壞死。 隨之細胞免疫功能衰竭， 非特異性免疫反應降低；T、B細胞免疫功能失調、血清抑制因數、中分子物質的聚集， 內毒素血症和微循環障礙等多因素的交叉系統作用， 導致肝臟大塊壞死、萎縮， 乙肝患者表現出血、昏迷， 即發展成為重症肝炎， 死亡率較高， 預後較差。
乙肝患者免疫功能發生耐受或麻痹， 雖肝細胞裡有乙肝病毒在複製，
