乙肝是一種由乙型肝炎病毒感染機體後所引起的疾病， 而HBV的基因組結構和編碼蛋白包括如下：
HBV基因組又稱為HBVDNA,其結構獨特而精密， 由不完全的環狀雙鏈DNA組成， 長的為負鏈， 短的為正鏈。 負鏈含3200個堿基， 正鏈的長度可變。 HBV基因組中4個開放讀碼框均位於負鏈， 分別為S區、C區、P區、X區。
S區又分為前S1、前S2及S三個編碼區， 分別編碼包膜上的前S1蛋白、前S2蛋白及HBsAg。 前S蛋白有很強的免疫原性， HBV的嗜肝性主要由前S蛋白與肝細胞受體之間的識別和介導的。
C區又分為前C基因和 C基因， 編碼HBeAg和HBcAg。 從前C基因開始編碼的蛋白質經加工後分泌到細胞外即為HBeAg;從C基因開始編碼的蛋白質為HBcAg。
P區是最長的讀碼框架， 編碼一個大分子鹼性多肽， 分子量約為90KD， 含有多種功能蛋白。
X基因編碼X蛋白， 即HBxAg。 HBxAg具有反式啟動作用， 可啟動HBV本身的、其他病毒的或細胞的多種調控基因， 促進HBV或其他病毒的複製。
