目前甲肝治療尚存許多不合理的用藥情況， 據不完全統計， 臨床上有百分之二十到百分之三十甲肝患者病情加重， 與不合理用藥有關。 不少病人因為誤治、亂治以及“自治”導致病情加重。 治療甲肝合理用藥需要掌握“三項基本原則”。
這“三項基本原則”是：
講究安全性：治療甲肝用藥首先要強調安全性， 甲肝患者病情變化多端， 療程漫長， 單一用藥難以達到治療目的， 現多採用聯合治療， 用藥安全是首要的。
追求有效性：使用藥物治療必須強調其有效性， 所謂有效性必須是公認和明確的， 不能是似是而非的。
提倡經濟性：治療甲肝新藥種類繁多， 療程漫長， 缺乏一錘定音的特效藥物， 甲肝患者病情反復無常， 用藥不斷， 不少患者已經因病致貧。 因此甲肝患者用藥一定要精打細算， 少花冤枉錢， 例如具有保肝降酶性質的藥物非常多， 大夫選擇用藥時， 一定要考慮到患者經濟承受能力， 貨比三家， 選擇價廉物美的藥物。
