肺動脈高壓的病因主要分為2大方面：病因， 遺傳機制、膠原血管疾病、先天性體一肺循環分流、門靜脈高壓、人類免疫缺陷病毒感染、藥物和毒物、其他疾病導致的肺動脈高壓、肺靜脈閉塞和肺毛細血管瘤肺靜脈閉塞性疾病；病理生理， 超聲心動圖可以測定肺動脈的壓力。
遺傳機制
Newman等報導了迄今為止最大的FPAH家系，
包括七代子女近400名成員，
其中200名成員可能攜帶FPAH基因。
18名成員已確診為肺動脈高壓；而在這18名患病成員中，
12名曾被診斷為散發的IPAH，
提示某些散發IPAH病例實際上也具備遺傳基礎。
骨形成蛋白Ⅱ型受體（BMPR2）是轉化生長因數B（TGFβ）受體超家族的一員，
百分之五十FPAH患者和百分之二十五散發IPAH患者都攜帶BMPR2突變基因。 某些FPAH患者的致病基因雖未明確， 但連鎖分析顯示其家系與BMPR2基因呈 連鎖關係。 FPAH以常染色體顯性方式遺傳， 具不完全外顯性。 由於其外顯率可低至百分之十～百分之二十， 故即使攜帶突變基因， 大部分成員並不發病但仍將突變基因 繼續遺傳給下一代。
BMPR2基因突變將通過多個環節對BMP/TGF一β信號傳導通路產生影響， 如阻斷配體與受體結合、消除激酶活 性、減少二聚體形成等。 正常情況下， TCF一β信號分子家族的主要功能是抑制內皮細胞增殖和調節參與細胞週期調控和血管發生的蛋白質分子。 目 前， BMP/TGFβ信號傳導通路如何在肺動脈高壓的發病機制中產生具體作用尚不清楚， 但研究發現肺動脈高壓患者的重構肺動脈中TGFβ有上調現象。
如前所述， BMPR2基因突變並非見於所有的FPAH家系， 在散發IPAH患者中也僅占1/4， 提示可能存在其他與IPAH相關的遺傳基因。
