肛瘺是由肛門直腸周圍膿腫引起的， 膿腫破潰後流膿， 逐漸形成纖維化瘺管， 這就是肛瘺。 肛瘺的原因具體表現在以下幾個方面：
1、細菌感染：由於肛管直腸部位是“排汙”的重要通道， 細菌非常容易侵入肛隱窩、肛門腺導管和肛門腺體， 造成感染發病， 逐漸形成膿腫， 破潰而為肛瘺；
2、肛周膿腫：肛周膿腫是導致肛瘺的主要因素之一。 由於糞便滯留肛隱窩， 引起肛腺炎， 導致肛周膿腫， 患者常不予以重視， 肛周膿腫破潰後， 膿液排出， 膿腔逐漸縮小， 外部破潰口和切口也縮小， 腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，
3、結核桿菌、放線菌：感染形成膿腫， 克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘺。
4、直腸肛門損傷、外傷：來自消化道的骨性異物、金屬、肛表及肛門窺器檢查損傷肛管直腸， 細菌侵入傷口即可引起肛周膿腫， 不及時治療， 都可導致肛瘺。
肛瘺是常見的肛腸疾病， 發病率很高。 治療肛瘺， 關鍵就在於尋找內口， 內口若有遺漏， 肛瘺必然治療不徹底。 目前治肛瘺方法技術有很多， 處理肛瘺內口的原則：如果治療成敗， 關鍵在於能否準確地找到內口及準確地處理內口。 內口的概念應該是指感染的肛隱窩， 肛門腺導管和肛門腺。 在醫療時， 只強調切開肛隱窩， 不等於已全部清除其下方感染的肛門腺導管和測了腺。
