(1) 感染性因素：現代醫學認為， 感染是引起本病的主要原因。
① 因肛裂、痔、肛竇炎、肛門周圍皮膚毛囊汗腺炎及肛門周圍皮膚病等感染， 可形成肛門直腸周圍膿腫。
② 還有某些疾病如白血病、糖尿病、結核病、潰瘍性大腸炎、再生障礙性貧血、全身營養不良等， 使身體虛弱， 抵抗力減低， 而誘發肛門周圍膿腫。
(2) 醫源性因素：臨床上屬醫源性引起的肛門直腸周圍膿腫也不少見。
① 內痔插枯痔丁或注射療法， 因操作不當或藥劑不潔感染形成粘膜下膿腫。
② 直腸周圍注射化學藥物刺激， 引起組織壞死， 造成直腸周圍膿腫。
③ 乙狀結腸鏡檢查， 造成腹膜穿孔感染， 引起直腸後間隙膿腫。
④ 局部麻醉感染， 或油溶液注入後吸收不良， 而形成膿腫。
(3) 手術後因素：臨床上亦可見到肛門直腸手術引起感染， 而形成的直腸周圍膿腫， 以及尿道術後感染、會陰部術後感染、產後會陰破裂縫合後感染、尾骶骨骨髓炎術後感染等引起的膿腫。
(4) 其它：如槍、刀傷， 直腸內異物損傷後感染， 性病淋巴肉芽腫， 放線菌病， 直腸憩室炎感染， 肛管直腸癌破潰或波及深部的感染， 及身體虛弱， 抵抗力低下， 或患有慢性消耗性疾病， 或營養不良， 都是肛門直腸周圍膿腫的發病原因。
