發生于頸胸段上皮細胞的食道癌中大約有2/3 為鱗狀細胞癌。 如今腺癌較過去更為多見, 占胸段食管惡性腫瘤的第2位, 它通常起源于化生的巴雷特食管黏膜, 現在的統計占外科手術切除的全部胸內食管惡性腫瘤的1/3。 診斷食管的“原發性”腺癌純粹代表起源于巴雷特黏膜的腫瘤的進展期, 良性的巴雷特黏膜完全被惡性的退變所取代。 賁門癌幾乎占了食管和食管胃交界處的惡性病變的一半
大多數食管腺腫瘤在顯微鏡下觀察與起源於唾液腺的腫瘤相似。 它們被認為起源於食管黏膜下腺體的導管。
肉瘤占全部食管惡性腫瘤的1%以下, 包括組織學診斷的纖維肉瘤、平滑肌肉瘤和橫紋肌肉瘤。 較罕見的侵犯食管的腫瘤中, 原發性黑素瘤最常見。 疣樣鱗狀細胞癌是另一種罕見腫瘤, 其無痛之生物學行為使之可能被治癒。 小細胞癌亦可發生於食管, 它被認為是一種起源于表面上皮嗜銀細胞的真正的胺前體攝取脫羧細胞瘤。 這些腫瘤體積大並具梗阻性, 常發生于下段食管。 小細胞癌是高度惡性的病變, 未有5年生存者的報導。