慢性乙肝治療發生耐藥以後， 臨床上已經有規範的應對措施， 比如在拉米夫定發生耐藥以後， 可以聯合阿德福韋進行治療， 或者改用恩替卡韋進行治療。 李甯教授強調， 現在研究標明所謂的慢性乙肝序貫療法是不可取的， 這樣只會造成耐藥發生率和患者的治療費用增加， 而臨床上更強調聯合治療的效果。
對於“治療耐藥”， “預防耐藥”顯得更加重要， 《乙型肝炎病毒耐藥專家共識》中對於病毒耐藥變異， 提出了三大預防策略：
第一， 合理選擇核苷(酸)類似物抗病毒治療的適應症。
第二， 合理選擇抗病毒治療方案， 對有抗病毒治療適應症的患者， 若選用核苷(酸)類似物， 儘量選用抗病毒作用強、耐藥變異發生率低的藥物;同時， 一定要瞭解既往抗病毒治療情況：核苷(酸)類似物應用情況、治療應答情況及耐藥變異情況， 以便選擇無交叉耐藥的藥物治療。 還應儘量避免單藥序貫治療， 以免多藥物耐藥的發生。
第三， 提高患者依從性：在用核苷(酸)類似物進行抗病毒治療期間， 要反復強調遵醫囑按時、足量服藥。 有資料顯示相當一部分抗病毒治療應答不理想或者發生病毒學突破的患者是由於沒有嚴格按醫囑服藥。
此外， 患者治療期間還應定期檢測， 每3個月檢測一次HBV DNA 水準， HBV DNA 水準的動態變化是早期發現耐藥變異的重要指標。
患者在初始治療的時候， 尤其要選用抗病毒作用強、耐藥變異率低的藥物， 可以有效避免耐藥帶給患者在疾病治療、心理、和生活上的危害。
